新疆社会科学院杂志社是新疆社会科学院对外进行学术交流和宣传的重要窗口，杂志社现编辑出版三种文字、四种国内外公开发行的期刊，包括：《西域研究》（季刊）、《新疆社会科学》（汉文版，双月刊）、《新疆社会科学》（维吾尔文版，季刊）、《新疆社会科学》（哈萨克文版，季刊）。其中《西域研究》、《新疆社会科学》（汉文）是中文社会科学引文索引（CSSCI）来源期刊。《西域研究》连续入选北京大学“中文核心期刊”。
　　社长：文丰，副社长：吴超（正处级，援疆）。