1957年7月30日，经国务院批准，中国科学院新疆分院筹备委员会在乌鲁木齐市正式成立。与此同时，作为其辖属单位的新疆历史研究室也与世人见面，这是今天历史所的前身。1981年新疆社会科学院成立，民族研究所改名历史所，归属于新疆社会科学院。在自治区党委的大力支持下，历史研究所于2021年1月正式升格为历史研究院。
　　历史研究院以学科齐全、人才集中、史料丰富的优势，在新疆地方史研究以及新疆历史知识普及等方面发挥着重要的作用。目前，新疆地方史研究被新疆维吾尔自治区党委和政府确定为新疆社会科学院的重点学科。
　　新疆社会科学院历史研究院是新疆唯一的以地方史研究、宣传和教育为主要任务的科研机构，下设古代史研究室、近现代史研究室、中亚史研究室、党史研究室及办公室和资料信息中心等机构。国家社科基金重大委托项目《新疆通史》编委会办公室、新疆历史学会均挂靠在历史研究所。新疆社会科学院历史研究院是中国历史研究院成员单位之一。
　　院长：马合木提·阿布都外力，副院长：买玉华、王旭送、李元斌。