新疆社会科学院中国特色社会主义理论体系研究中心前身为“新疆社会科学院邓小平理论研究中心”。本中心旨在整合全院力量，聚焦社会稳定和长治久安总目标，放眼世界百年未有之大变局，立足国内外、区内外重大理论和现实问题，加强调查研究，深度研究阐释新时代涉疆重大理论和现实问题，致力于马克思主义中国化、新时代党的治疆方略、党的建设特别是新疆基层组织建设与新疆治理体系和治理能力现代化等理论和现实问题研究。设有马克思主义中国化研究室、新时代党的治疆方略研究室、党建研究室3个研究室。
　　截至2022年底，完成著作7部，主持完成国家社科基金项目4项、自治区社科基金项目11项、委托课题28项；参与完成国家课题9项、自治区课题17项、委托课题24项；在研国家社科基金项目8项、自治区社科基金项目6项。在核心期刊发表学术论文17篇，在《光明日报》《新疆日报》《今日新疆》《兵团日报》发表论文74篇，其他一般刊物发表论文49篇。
　　主任：刘芦梅、副主任：沈阳（正处级，援疆）、梁红营。